ربما تكون المعدة التي تهضم اي شئ، ويقال "معدة تهضم الحديد الصلب" ويقال ايضا "تهضم الزلط" هي المعيار النموذجي، ومن الافضل أن نسأل عن سبب أن الكثير من الناس ليس لديهم مثل هذه المعدة ويعاونون من سوء الهضم بعد تناول الطعام أو الشراب.
أحيانا ترتبط الإجابة بحالة صحية يمكن تشخيصها، مثل قرحة هضمية أولية أو خطيرة. ومع ذلك ففي اغلب حالات عسر الهضم الوظيفي "غير المرتبط بالقرحة"، يكون من الصعب تحديد السبب.
ونشرت مجموعة من الأطباء الأستراليين أخيرا بحثا لهم يوضح انه "علي الأقل ثلثا المرضي لا يوجد تفسير هيكلي أو كيميائي حيوي للأعراض التي يعاونون منها".
ويضيف الأطباء أن "التدخين والكحول ليسا لهما أهمية فيما يبدو بالنسبة لعسر الهضم الوظيفي "هذا لا يعني بشكل مؤكد أن التدخين والكحول غير ضارين"، لكن اتضح ان تناول القهوة يرتبط بتفاقم الاعراض.